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Son famosos sus Reales Hospitales, que durante varios siglos prestaron un eficaz servicio. También conocemos, a través del historiador Gabriel de Talavera, que en el Hospital de San Juan Bautista existió una escuela de medicina y cirugía: “... Asisten a estos hospitales ordinariamente cuatro cirujanos, y otro más docto que ellos para las enfermedades y heridas más graves. Lee este la facultad y lo mesmo haze el Doctor de Medicina. A estas lecciones acuden con gran provecho, por la experiencia ordinaria que se haze de lo que se enseña, y Anatomía que pueden hazer los cirujanos, por indulto de Su Santidad”. Guadalupe fue también uno de los primeros lugares de la península en los que se permite practicar la disección de cadáveres ( “ … Ay indulto de Su Santidad para hacer Anatomías, y con el repetido ejercicio de la experiencia adelantan mucho en el práctico conocimiento de enfermedades ocultas, y partes del cuerpo humano, naciendo de este principio los grandes célebres Médicos, que han salido de esta Casa … “).
